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WindowsXPで起動時に実行される、ディスクのチェック(chkdsk?)は、設定すると以下のレジストリに記載されるみたい。
「HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager」 の 「BootExecute」 (複数行文字列値)

標準では、

autocheck autochk *

次回の起動時に、Cドライブの検査を行なうように設定すると、

autocheck autochk /p \??\C:
autocheck autochk *

となった。